Има много теории, които обясняват как всъщност работи Боуен лечението. Много често биват повдигани въпросите как точно техниката подтиква мускулите и тъканите в организма да се самолекуват. Въпреки че изследванията все още не могат да потвърдят със сигурност причината, има много теории, заключаващи как процесът има общо с реакциите на мозъка към неврологичното стимулиране. След като мозъкът започне да подрежда сигналите,той влиза в състояние, в което получава и интерпретира информация и от други части на тялото. Това обяснява защо Боуен терапията е в състояние да лекува и заболявания, за които пациентът дори не подозира.