Стъпка едно: Избор на контролиращ орган и срокове.
Фермерът се спира на контролен орган и след осъществяване на контакт се стига до обмяната на информация, включваща ценови оферти, местонахождение и големина на площи, производство и пр.
След постигане на съгласие, двете страни сключват договор, осъществява се плащане (в зависимост от параметрите на споразумението) и производителят влиза в преходен период. По време на него продукцията му не може да бъде продавана като сертифицирана, а само като конвенционална, въпреки че се спазват всички изисквания за био.
Продължителността на преходния период зависи от съответната култура:

• за едногодишните растения той е 2 години (2 реколти)
• за многогодишните – 3 години преди прибиране на първата реколта, ако не е влязло насаждението в плододаване или 3 реколти, ако вече е в плододаване
• 12 месеца за еднокопитни и едър рогат добитък за месо
• 6 месеца при дребни преживни и прасета
• 6 месеца за животни за производство на мляко
• 10 седмици за птици за производство на месо
• 6 седмици за птици за яйца
• 12 месеца за пчелните семейства.

Същевременно се извършват инспекции поне веднъж за календарна година. Те се изразяват във вземани проби от почвата или растителния материал, в зависимост какво е договорено между производителя и контролиращия орган. Целта е да се проследят потоците на входящите и изходящите суровини и материали и получената от стопанството продукция.

Стъпка две: На този етап контролът и сертификацията се разделят
Контролът на продукцията – била тя растителна или животинска, се осъществява от контролиращи лица, които се водят на регистър в Министерството на земеделието и храните. Те може да са местни, но законът дава възможност и чуждестранни оператори от страна-член на Европейския съюз или извън него, както и държави, които са страни по Европейското икономическо пространство, да контролират процеса. За да могат да изпълняват ролята си, органите трябва да имат сключен договор с лаборатория.
Хората, които осъществяват контрол, не се занимават със сертификация, за да няма влияние.
На този етап се попълва инспекторски доклад. Той се изготвя от инспектор на място, който проверява фактическото състояние на стопанството и водената документация. Това се прави, за да се проследят потоците на входящите и изходящите суровини и материали и получената продукция от стопанството.
Биологичните полета са отделни от конвенционалните с буферни зони, при производството и складирането е поставена подходяща маркировка с цел разделението му на биологично и конвенционално. Проверява се наличието на отделни обособени помещения или части от тях с означения за препарати за растителна защита и биологична продукция.
Изчислява се продуктопотокът и той се описва – от беритбата до реализираните продукти. При откриване на несъответствия инспекторът предписва коригиращи действия и срокове за отстраняването им.

Стъпка три: Издаване на сертификат.
След проверка на документацията и фактическото състояние на стопанството, включваща помещенията, складовете и полетата, се пристъпва към попълване на инспекторски доклад, който се подписва от двете страни. В същото време мениджър по сертификация изготвя мотивирано предложение до съответния орган, който се занимава с издаването.
В сертификата се съдържат номерът на документа, името и адресът на оператора, името, адресът и кодовият номер на контролния орган, видът на продукцията – растителна, животновъдна или преработка, статусът на сертификацията – в период на преход или биологична, както и стандартът, за който се отнася полученият документ. Той има период на валидност, който е точно упоменат.
Цената на документа е търговска тайна, но някои от сертифициращите органи публикуват на сайта си ценова листа.

Какво трябва да пише на етикета на биохраните?

Европейското лого за биоземеделиее задължително. Неговите размери трябва да са по-големи от 9х13,5 мм. За по-малки опаковки се допуска намаляване на височината до 6 мм, като съотношението височина/ширина (1:1,5) трябва да се спазва. Когато на етикета е сложено европейското лого,винаги трябва да са изписани кодовият номер на контролния орган и мястото на производство на суровините, от които се състои продуктът. Ако е извършвана някаква манипулация, например преопаковане на продукта, е наложително да присъства името на контролиращото лице.

Може да присъстват и националните и частни знаци за биологично производство, както и националното лого за биологичен продукт на България. То представлява бяла калинка върху зелен лист.

Санкции за имитация на означенията

Контролът върху използването на означенията в търговската мрежа се осъществява от Българската агенция по безопасност на храните. Санкциите варират между 1000 и 5000 лв. Това става ясно от положенията, които са записани в Закона за прилагане на общите организации на пазарите на земеделски продукти на европейския съюз.
От чл. 25. (3) става ясно още, че:
Се забранява означаването като „биологичен“, „екологичен“, „органичен“, „био“ и „еко“, включително на чужди езици, и поставянето на знака за биологично земеделие на земеделски продукт или храна, които не са биологично произведени.